1、最常見出血，可能發生任何部位。
2、常見寒戰、發熱、蕁麻疹等過敏反應。
3、長期用藥可致脫發和短暫的可逆性禿頭癥、骨質疏松和自發性骨折。
4、注射局部可見局部刺激、紅斑、輕微頭痛、血腫、潰瘍等。肌內注射后更嚴重，因此不宜肌內注射。
5、尚見短暫的血小板減少癥。肝素誘發的血小板數減少（HIT）是由于肝素-血小板4因子抗體復合物結合于血小板4因子受體所致。可激活血小板聚集，造成小動脈栓塞。雖少見，但可致死。如出現HIT應立即停用肝素。
用藥期間應定時測定凝血時間。60歲以上老人對本品更為敏感，應減少用量，并加強監測。妊娠期婦女僅在有明確適應證時，方可用本品。本品不分泌入乳汁。肌內注射或皮下注射刺激性較大，應選用細針頭做深部肌內或皮下脂肪組織內注射。
對肝素過敏、有出血傾向及凝血機制障礙者（如血友病、紫癜、血小板減少），消化性潰瘍、創傷、先兆流產及產后出血者，嚴重高血壓、顱內出血、細菌性心內膜炎、活動性結核、內臟腫瘤、嚴重肝腎功能不全者，外傷及手術后患者均禁用。
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