1937年，加拿大的查斯發現在肺臟內也有肝素，甚至比肝臟還要多。于是，他從肺臟組織的提取物中分離并純化了肝素。這一年，肝素在臨床上首次用于預防血栓形成并獲得成功。
1939年，布林克豪斯（Brinkhous）和他的同事發現，肝素的抗凝活性的激活是由血漿中的內源性物質介導的，這是一種血漿輔助因子，其實就是一種抗凝血酶。
30年后，1968年，Abildgaard從血漿中將這種因子提純，稱為抗凝血酶III（antithrombin III，AT-III）。
20世紀70年代，Rosenberg等人進一步闡明了肝素/AT的作用機制。AT-III是血漿中正常存在的蛋白質，可抑制內源性及共同通路中活化的凝血因子，與這些凝血因子通過精氨酸-絲氨酸肽鍵結合，形成AT-III-凝血因子復合物而使因子滅活。肝素相當于催化劑，可以使此反應速率加快千倍以上，進而起到抗凝血作用。
而今，肝素通常由豬小腸粘膜和豬、牛的肺中提取，已經成為了臨床常用的體內、體外抗凝劑。
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