2-巰基-5-二氟甲氧基-1H-苯并咪唑（Ⅰ）和2-氯甲基-3,4-二甲氧基吡啶鹽酸鹽縮合，生成物（Ⅲ）再用間氯過苯甲酸氧化，即得產物。
1、2-巰甲基-3,4-二甲氧基吡啶的制備
在反應瓶中加入2-氯甲基-3,4-二甲氧基吡啶鹽酸鹽22.8g、硫脲9.1g和95%乙醇120mL，攪拌回流3h，冷卻，再加入2mol/L KOH水溶液120mL，室溫攪拌10h，冷卻，反應液用氯仿提取。有機相用無水MgSO4干燥，過濾，濾液減壓濃縮，得白色固體2-巰甲基-3,4-二甲氧基吡啶15.4g，mp113~115oC。
2、(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基甲酸乙酯的制備
在反應瓶中加入2-巰甲基-3,4-二甲氧基吡啶9.5g和二氯甲烷100mL，攪拌溶解，冷卻至0oC，加入氯甲酸乙酯5.7mL和三乙胺8.4mL，室溫攪拌5h，反應液用水洗，有機相用無水MgSO4干燥，過濾，濾液減壓濃縮得黃色油狀物(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基甲酸乙酯11.8g。
3. 5-二氟甲氧基-2-[(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基]-1H-苯并咪唑的制備
在反應瓶中加入(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基甲酸乙酯12.6g、5-二氟甲氧基鄰苯二胺12.4g和甲苯100ml,攪拌回流5h.冷卻至5oC以下,析出結晶,抽濾,用甲苯洗滌,抽干,干燥得白色固體5-二氟甲氧基-2-[(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基]-1H-苯并咪唑16.2g,mp118~119oC.
4. 泮托拉唑的合成
在反應瓶中加入5-(二氟甲氧基)-2-[(3,4-二甲氧基吡啶-2-基)甲硫基]-1H-苯并咪唑7.4g和二氯甲烷100mL，于冰水浴冷卻下，攪拌加入間氯過氧苯甲酸3.5g，室溫攪拌反應5h。用10% K2CO3水溶液洗滌，有機相用無水MgSO4干燥，過濾，濾液蒸除溶劑，剩余物用異丙醇重結晶，得白色固體5-(二氟甲氧基)-2-[[(3-二甲氧基-2-吡啶基)甲基]亞磺酰基]-1H-苯并咪唑泮托拉唑7.0g，mp138~139oC（分解）。
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