1、最常見出血，可能發生任何部位。
2、常見寒戰、發熱、蕁麻疹等過敏反應。
3、長期用藥可致脫發和短暫的可逆性禿頭癥、骨質疏松和自發性骨折。
4、注射局部可見局部刺激、紅斑、輕微頭痛、血腫、潰瘍等。肌內注射后更嚴重，因此不宜肌內注射。
5、尚見短暫的血小板減少癥。肝素誘發的血小板數減少（HIT）是由于肝素-血小板4因子抗體復合物結合于血小板4因子受體所致。可激活血小板聚集，造成小動脈栓塞。雖少見，但可致死。如出現HIT應立即停用肝素。
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