普通肝素、低分子肝素、磺達肝素，均可用于預防和治療靜脈栓塞和肺動脈栓塞，并用于不穩定性絞痛和心肌梗塞患者。

肝素(UFH)通過與ATⅢ結合并抑制Ⅱa因子和Ⅹa因子活性而發揮抗栓、抗凝作用，而與ATⅢ的結合是通過隨機分布于肝素分子中特定的五糖分子調控的，肝素與ATⅢ、Ⅹa結合，使Ⅹa而發揮抗栓作用，這一過程需5個糖基單位即可；

同樣肝素與ATⅢ、Ⅱa結合，使Ⅱa發揮抗栓作用，這一過程需18個糖基單位為條件，而肝素總量中大于18個糖基單位的量約占90%，而低分子肝素H總量中大于18個糖基單位的量不超過50%，這就決定了低分子肝素具有較高的抗Ⅹa因子活性及較低的Ⅱa因子活性。所以低分子肝素具有抗血栓形成作用強和抗凝血作用弱的特點。

低分子肝素和肝素具有不同的抗凝活性與它的相對分子質量及其分布有很大關系，LMWH的抗Ⅹa因子與抗Ⅱa因子效價比隨著相對分子質量的降低而增大，抗凝活性降低，抗栓作用增強。

普通肝素和低分子肝素，可用于支架置入或冠狀動脈球囊形成術來預防栓塞。磺達肝素可明顯增加導管血栓和冠脈并發癥風險，不宜用于PCI患者。

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