普通肝素、低分子肝素、磺達肝素均可靜脈、皮下注射給藥，禁止肌肉注射。
普通肝素，皮下注射的生物利用度僅30%；低分子肝素、磺達肝素皮下注射的生物利用度≥90%。
普通肝素，可被網狀內皮細胞系統清除和降解，少量經腎臟排泄；低分子肝素、磺達肝素主要通過腎臟排泄，腎臟功能不全的患者可能發生蓄積，可導致出血。
分子量越小，半衰期越長。
普通肝素血漿半衰期約為1~2小時；低分子肝素的血漿半衰期約為5~7小時；磺達肝素的血漿半衰期約為17~21小時，可每日一次皮下注射。
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