肝素的治療是不能隨便停用的。這是因為，需要肝素治療的病人，往往是急性的血栓疾病或者嚴重的冠狀動脈疾病，比如嚴重的心絞痛或者急性心肌梗死。這些疾病，肝素的使用往往是有固定的療程的，比如心肌梗死往往需要皮下注射低分子肝素，這種使用的療程常常是一周左右，并且使用需要連貫，不能自行的停用藥物，需要在醫生的指導下，根據病情判斷何時停用低分子肝素。所以，對于這類需要使用肝素的疾病，都需要在專業的醫生指導下使用，不能自己聽信其他病人的建議而去自行使用，避免影響疾病的治療。
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