肝素可應用于：
血栓栓塞性疾病：肝素可防止血栓的形成和擴大，用于心肌梗死、肺栓塞、腦血管栓塞、外周靜脈血管栓塞等。
彌散性血管內凝血：早期靜脈注射肝素，可以防止凝血因子的消耗，維持纖維蛋白原和其它凝血因子的數量，防止繼發性出血。
可用于體外抗凝，用于輸血、血液透析、體外循環的抗凝。
肝素的不良反應與其抗凝血作用有關。人體血液中的凝血和抗凝血、纖溶和抗纖溶系統保持著動態平衡，共同維持血液的流動性。一旦平衡被打破，要么引發血栓栓塞性疾病，要么形成出血性疾病。
因此，應用肝素的不良反應有：出血、血小板減少、氨基轉移酶升高、抑制醛固酮合成使血鉀升高等。
